新竹科學園區成長快速，產生可觀的經濟效益，但長期來其對所在都市的社會及環境也造成了重大的衝擊，引起社會大眾的注意，政府相關單位也提出了許多改善的策略，以減少衝擊。有鑑於此，本研究依據系統工程的理論，將新竹科學城視為一個系統，以系統分析的方法，利用專家調查法，建構新竹科學城永續發展指標體系，並以系統動態學的技術與STELLA 語言建構模擬模式，從永續發展的角度，模擬新竹科學城未來合理的經營與管理策略。研究結果顯示，科學園區高科技產業之發展為帶動科學城整體發展之關鍵，惟在以產業經濟為發展主軸的同時，亦須注意社會與環境面向之問題。因此，未來應在不超限發展的原則下，朝園區產業高值化的方向努力，將園區產業對母市環境的污染與破壞降至最低，並盡量降低自然資源的消耗、減少環境污染、解決社會問題，以達永續發展的理想，進而實現綠色矽島之目標。